Вигідне розташування міста, збудовані в ньому міцні фортечні укріплення вирішили його подальшу долю.
У 1669 році на Глухівській раді гетьманом Лівобережної України обирають Дем’яна Многогрішного.
Обирається нова гетьманська резиденція — Батурин. Через рік цей вибір був підтверджений указом російського царя Олексія Михайловича.
«Гетьман Многогрішний обрав собі життя в Батурині, а за ним гетьмани живуть там», — записано в Чернігівському літописі.
Сотенне містечко України Батурин швидко перетворилося на потужну фортецю, визначний політичний і культурний центр.
Особливого статусу Батуринська резиденція набуває за часів правління Івана Мазепи (1687-1708 рр.), коли Батурин перетворюється на центр політичного життя Гетьманщини. Тут перебувала вища державна адміністрація – Генеральна військова канцелярія, Генеральний Суд Лівобережної України. У Батурині в цей час живе та працює політична, військова та культурна еліта України.
