Процес формування військово-морських сил впевнено можна назвати одним із найважчих випробувань України на шляху формування власних Збройних сил.
Проте найбільшого удару по флоту було завдано анексією Росією Криму навесні 2014 року.
На момент початку кримської кризи 2014 року ВМС України мали лише вкрай застарілий підводний човен «Запоріжжя», сторожовий корабель (фрегат) «Гетьман Сагайдачний», 2 малі протичовнові кораблі «Луцьк» та «Тернопіль» і 1 сторожовий корабель «Вінниця», 1 малий протичовновий корабель «Хмельницький», 2 ракетні катери «Придніпров’я» і «Прилуки», сторожовий катер, 3 тральщики «Чернігів» і «Черкаси», «Генічеськ», 2 десантні кораблі «Костянтин Ольшанський» і «Кіровоград».
Морська авіація налічувала 5 протичовнових літаків-амфібій Бе-12 (ще 3 на зберіганні), 7 транспортних літаків (1 Ан-2, 2 Ан-26, 4 Ан-72), 8 протичовнових вертольотів (5 Ка-27ПЛ, 3 Мі-14ПЛ), 3 багатоцільові вертольоти 3 Ка-29 (ще 1 на зберіганні), 2 рятувальні вертольоти (1 Ка-27ПС, 1 Мі-14ПС).
Берегові війська нараховували: 1-й батальйон морської піхоти, 36-ту механізовану бригаду берегової оборони (Перевальне) (39 танків Т-64БВ, 75 БМП-2, по 50 БТР-70 і 50 БТР-80, 12 САУ 2С1, по 18 гармат польової артилерії Д-30 і 2А36, 24 міномети 2С12, 18 РСЗО БМ-21) і 25-й дивізіон берегової оборони — 2 ПУ ПКРК «Рубіж» (по 2 ПКР П-15).
У перші дні протистояння українські кораблі, які базувалися в Криму, не покинули півострів і виявилися заблокованими на своїх базах. Також місцевими жителями, «самообороною Криму» та російськими військовослужбовцями були заблоковані всі берегові об’єкти українських ВМС, зокрема штаб і сили берегової оборони.
У Севастополі для блокування українських кораблів використовували буксири, які виставляли за кілька сотень метрів від причалів, що унеможливлювало активне маневрування заблокованих кораблів у вузьких севастопольських бухтах. А щоб заблокувати українські кораблі на озері Донузлав, російські військові затопили чотири судна, включаючи списаний протичовновий корабель «Очаков». З моря український флот блокувала група кораблів ЧФ РФ, яку очолював ракетний крейсер «Москва».
Екіпажам заблокованих кораблів і військових частин росіяни висунули ультиматум: здатися або перейти на їхній бік. Однак спершу всі кораблі і військові частини залишалися вірними українській присязі. Зате 2 березня перейшов на службу до РФ щойно призначений командувачем ВМСУ контр-адмірал Денис Березовський.
Ніхто з учасників конфлікту не використав зброю на ураження, проте російські військові неодноразово намагалися захопити українські кораблі та військові об’єкти. При цьому в штурмах брали участь «ополченці» з кримської самооборони (здебільшого – донські козаки) і проросійські активісти.
Так, 2 березня російські військові за підтримки бронетранспортера намагалися захопити склад зброї на території 191-го навчального загону ВМС. Під час атаки українські офіцери стали живим щитом перед технікою і не дали заволодіти зброєю.
4 березня відбулася спроба захоплення корабля управління «Славутич»: до нього підійшов буксир з озброєною групою бійців на борту і спробував взяти корабель на абордаж, але екіпаж відбив атаку.
Найбільшим українським досягненням того періоду стала успішна евакуація літаків і вертольотів 10-ї морської авіаційної бригади із заблокованого аеродрому Новофедорівка. 3 березня екіпажам вдалося підняти в повітря і перегнати в Кульбакіно 2 Ан-26, 3 Мі-14 і по одному Бе-12 і Ка-27, а через 4 дні – ще один Ка-27ПС.
Тиск на авіаторів посилився, і 9 березня аеродром був захоплений російськими військовими за підтримки пари вертольотів Мі-35М. Після референдуму і приєднання півострова до Росії в результаті міжурядових угод до 14 квітня в Кульбакіно вдалося перегнати своїм ходом другий Бе-12 і перевезти залізницею два Ка-27.
Після офіційного приєднання Криму до Росії 18 березня напруження навколо українського флоту різко зросло. На той момент територія півострова повністю контролювалася російською армією, а продуктів харчування і води в заблокованих військових частинах залишалося тільки на 7-10 днів. Моральний дух українських військових різко впав.
19 березня члени «кримської самооборони» зайняли штаб ВМС України. Того ж дня припинили опір війська берегової оборони.
До 21 березня практично всі українські кораблі були захоплені або здалися добровільно, в строю залишилося тільки шість кораблів: один у Севастополі (корабель управління «Славутич») і п’ять на озері Донузлав (БДК «Костянтин Ольшанський», МДК «Кіровоград», корвет «Вінниця», тральщики «Чернігів» і «Черкаси»). Того ж дня українські кораблі спробували вирватися з Донузлава, але безуспішно.
22 березня російські війська захопили «Вінницю» і «Славутич», а «Чернігів» і «Кіровоград» здалися самі. У ніч на 24 березня озброєні люди без розпізнавальних знаків на формі (так звані ввічливі люди) штурмом захопили військове місто 1-го українського батальйону морської піхоти в Феодосії, а 80 українських військовослужбовців, які чинили активний опір, взяли в полон (пізніше всіх їх відпустили). Увечері того ж дня був захоплений «Костянтин Ольшанський».
Також 24 березня російські війська двічі атакували «Черкаси», однак команда відбила всі спроби штурму. Тільки наступного дня із застосуванням спецназу, вертольотів і швидкісних катерів корабель був захоплений.
Усього в результаті кримських подій український флот втратив 51 корабель, під українським прапором залишилося тільки 10 кораблів і допоміжних суден, зокрема флагман «Гетьман Сагайдачний». Що стосується особового складу, то приблизно третина залишилася служити Україні, третина перейшла на службу в РФ, а третина звільнилася. Україна втратила ключові військово-морські бази та інфраструктуру для базування флоту.
Спершу всі кораблі були включені в склад російського флоту, однак пізніше через Білорусь почалися переговори, в результаті яких російська сторона погодилася повернути кораблі. Уже 11 квітня Україна отримала назад ракетний катер «Прилуки» і танкер «Фастів».
До 3 червня були повернуті 35 кораблів, після чого РФ припинила цей процес, пояснюючи це активізацією української армії на Донбасі. У Криму на сьогодні залишається ціла низка найсучасніших кораблів, зокрема «Костянтин Ольшанський», «Тернопіль», «Хмельницький», «Луцьк» і «Придніпров’я».
