Після розпаду СРСР та проголошення незалежності України радянський Чорноморський флот фактично перейшов під контроль України, як і всі військові частини, що знаходились на її території.
Однак Росія виступила за поділ флоту і підняла проблему на рівень міждержавних переговорів. У результаті зустрічі 3 серпня 1992 року президента України Л. Кравчука і президента Російської Федерації Б. Єльцина в Ялті був сформульований принцип поділу: 50 на 50. Однак при цьому росіяни також відмовлялися залишати Севастополь і почали маніпулювати газовими боргами України.
У результаті новий президент України Л. Кучма та Б. Єльцин 9 червня 1995 року вирішили поділити флот так, що 81,7 % кораблів мали перейти до Росії, Україна мала всього 18,3 % корабельного складу та військово-морські бази в Ізмаїлі, Одесі, Очакові, Керчі, Донузлаві і Балаклаві.
Важливим моментом стала легалізація знаходження Чорноморського флоту РФ на території України. Оскільки в прийнятій 1996 року Конституції України було заборонене базування на території держави будь-яких іноземних військових формувань, то у 1997 році були підписані междержавні угоди про умови знаходження флоту РФ у Севастополі строком дії на 20 років (до 2017 року).
За цими домовленостями Чорноморський флот РФ на території України міг мати 338 кораблів і судів та 22 військові літаки, а чисельність особового складу не могла перевищувати 25 тис. осіб.
Однак росіяни планували взяти під свій повний контроль щонайменше Севастополь як головну базу флоту і після 2017 року, тому постійно впливали на українських політичних діячів. Найбільш «вдалим» був вплив на проросійського вихідця з Донбасу Віктора Януковича. Ще у 2006 році тоді ще прем’єр-міністр В. Янукович заявив, що ймовірним є перебування Чорноморського флоту РФ на території України і після 2017 року на вигідних для обох сторін умовах.
А через чотири роки, коли він за підтримки РФ став президентом, то доля російського флоту після 2017 року була вирішена…
21 квітня 2010 року було підписано і за 6 днів поспіхом ратифіковано міждержавну угоду з питань перебування Чорноморського флоту Російської Федерації на території України, відповідно до якої термін дії угоди про перебування російського флоту в Україні було продовжено з 2017 року ще на 25 років – до 2042 року.
20 лютого 2014 року, ще у переддень втечі В. Януковича з України, Російська Федерація розпочала військову операцію з окупації Криму.
Через тиждень – 27 лютого – на порушення двосторонніх російсько-українських та укладених у рамках СНД угод, Будапештського меморандуму та Гельсінського заключного акту, за якими стверджувалася непорушність кордонів України, російські війська з захоплення приміщення уряду й парламенту почали агресію проти України, яка закінчилась анексією півострова Крим.
Таким чином, угоди про легітимність розміщення Чорноморського флоту РФ на території України були фактично денонсовані Росією в односторонньому порядку.
